个人所得税和实际发的工资不一致时，存在以下特殊情况或例外情形，会影响问题的处理：1.合法税收优惠政策导致的差异：若差异源于个人享受了合法的税收优惠（如残疾人税收减免、科技人员股权奖励税收优惠等），需提供相关证明材料，税务部门核实后不会进行处罚，只需补充申报优惠信息即可。2.单位未足额代扣代缴的情形：若差异是单位未按实际工资代扣代缴个税，单位需承担补缴税款的责任，个人作为纳税人虽无过错，但需配合税务部门提供工资证明，确保税款补缴到位。3.跨年度收入调整的情形：若因上一年度收入调整（如年终奖补发）导致个税与当年工资不符，需在次年汇算清缴时进行调整，补充申报相关收入，避免产生税务风险。
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针对个人所得税和实际发的工资不一致的问题，我们可以依据《中华人民共和国个人所得税法》第六条进行分析。根据《中华人民共和国个人所得税法》第六条，居民个人的综合所得应纳税所得额为年度收入额减除费用六万元、专项扣除、专项附加扣除等后的余额。若实际发的工资与个税申报的收入不一致，需先核实是否存在未申报的扣除项或收入。例如，若个人未申报子女教育专项附加扣除，可能导致个税多缴，此时需补充申报；若单位少报工资基数，导致个税少缴，税务部门可依据该条款要求单位补缴税款并处罚。综上，个税与工资不一致时，需结合该条款核查收入申报和扣除项的准确性，以确定是否存在税务违规。
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个人所得税和实际发的工资不一致，最直接的后果是可能引起税务部门的关注，甚至触发税务检查。1.若存在个人未如实申报收入（如隐瞒兼职收入）导致个税与工资不符：税务部门可能要求补缴税款，并处以罚款和滞纳金，情节严重的还可能影响个人信用记录。2.若存在单位未足额代扣代缴个税（如少报工资基数）导致不一致：单位可能面临税务处罚，个人需配合税务部门核实情况，必要时需补缴差额税款。3.若存在合法扣除项（如专项附加扣除未足额申报）导致的差异：补充申报扣除项后可消除差异，一般不会产生处罚，但需及时向税务部门说明情况。
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个人所得税和实际发的工资不一致可能带来以下法律风险：1.补缴税款及滞纳金风险：例如，若个人未如实申报兼职收入，导致个税申报的工资低于实际收入，税务部门核查后会要求补缴少缴的税款，并从滞纳税款之日起按日加收万分之五的滞纳金。2.影响个人信用记录风险：若因偷税漏税被税务部门处罚，相关记录可能纳入个人信用体系，影响未来的贷款、购房、出行等。例如，某纳税人因隐瞒工资收入被税务部门处罚后，其信用报告出现不良记录，导致申请房贷时被银行拒绝。

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